Pengembangan bidang ilmu Teknologi Pertanian di Universitas Udayana dimulai sejak tahun 1962 yang dirintis oleh bagian Teknologi Hasil Ternak, Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan (FKHP) yang sekarang bernama Fakultas Peternakan (FAPET). Selanjutnya sejak tahun 1967 dikembangkan bidang studi Teknologi Hasil Pertanian yang dikelola oleh Fakultas Pertanian (FP) Universitas Udayana.

Setelah mencermati pesatnya perkembangan kebutuhan akan pemberdayaan teknologi pada sektor pertanian dalam arti luas dan perkembangan ipteks bidang teknologi pertanian pada beberapa perguruan tinggi dalam dan luar negeri, maka Universitas Udayana (UNUD) melalui SK Rektor No.485/SK/PT.17/R-VII.1983 membentuk program studi baru, yaitu Program Studi Teknologi Pertanian (PSTP) untuk menyelenggarakan pendidikan strata-1 (S-1). Berdasarkan hasil kajian kelayakan akademik dan administratif dari pembentukan PS. Teknologi Pertanian yang diusulkan oleh Universitas Udayana, pada tahun 1984 PSTP mendapat izin pembukaan dan penyelengaraan oleh Direktorat Pendidikan Tinggi (DIKTI) melalui SK. Dirjen Dikti Depdikbud RI No.55/DIKTI/Kep/1984 sehingga sejak itu telah diperkenankan menerima mahasiswa baru.

Pada awal terbentuknya PSTP, kurikulum pendidikannya dicirikan oleh bidang-bidang teknologi pertanian dalam arti yang luas. Pada tahun 1995 mulai dikembangkan spesialisasi atau konsentrasi ilmu yang dikelola oleh unit organisasi yang disebut dengan istilah bagian. Sejak itu dibentuk Bagian Teknologi Hasil Pertanian (THP), Bagian Teknologi Industri Pertanian (TIP) dan Bagian Teknik Pertanian (TEP). Berdasarkan hasil evaluasi yang dilakukan oleh Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi, maka bagian THP berubah menjadi PS. THP melalui SK Dirjen Dikti No: 231/DIKTI/Kep/1996 tanggal 11 Juli 1996, bagian TIP menjadi PS. TIP melalui SK Dirjen Dikti No:3956/D/T/2001 tanggal 28 Desember 2001 dan bagian TEP menjadi PS. TEP SK Dirjen Dikti No: 2049/D/T/2004 tanggal 11 Juni 2004.

Berkat keberhasilan dalam mengelola program pendidikan, kerja keras dari civitas cademica PSTP dan berdasarkan evaluasi kelayakan terhadap kualifikasi kompetensi lulusan yang dihasilkannya, sumber daya pengelola, sarana dan prasarana yang dimiliki, kemampuan pendanaan dan penguasaan ketrampilan manajemen akademis yang telah teruji, maka atas petunjuk dan persetujuan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (Ditjen DIKTI), Fakultas Teknologi Pertanian (FTP) dapat didirikan berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Udayana tertanggal 7 Oktober 2004 No.271.A/J14/PR.01.10/2004.

Sejak tahun 2004 FTP menjadi salah satu dari 12 fakultas yang dimiliki oleh Universitas Udayana dan sekarang Unud memiliki 13 fakultas dan 1 program pascasarjana. Terbentuknya fakultas ini diikuti dengan perubahan Bagian menjadi Program Studi dengan SK Rektor No.: 160/J14/KP.02.18/2005 tanggal 15 Juni 2005. Dengan demikian ada 3 Program Sarjana di bawah Fakultas Teknologi Pertanian, yaitu Program Studi Teknologi Hasil Pertanian, Program Studi Teknik Pertanian, dan Program Studi Teknologi Industri Pertanian Tahun 2009 terjadi perubahan nama PS. Teknologi Hasil Pertanian (PSTHP) menjadi PS. Ilmu dan Teknologi Pangan (PSITP) melalui SK. Rektor No. 16/H14/PR/2009, tanggal 8 Januari 2009. Dengan demikian Jurusan THP juga berubah menjadi Jurusan Ilmu dan Teknologi Pangan. 

Program Studi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan  berdiri tahun 2012, tetapi sejak sejak 2016 sesuai SK Rektor No.592/UN14/PP.03.01/2016, pengelolaannya di bawah FTP Unud.  Sebelumnya PS Magister Ilmu dan Teknologi Pangan berada dibawah pengelolaan Program Pascasarjana Univesitas Udayana. Proses penyusunan proposal pembentukan program studi ini telah dimulai dari Januari 2011 oleh task force yang beranggotakan staf dosen dari Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Udayana. Setelah bekerja hampir 1,5 tahun, akhirnya pada 14 Mei 2012 Prodi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan disetujui ijin penyelenggaranya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 166/E/O/2012.  Prodi Magister Ilmu dan Teknologi Pangan mulai menerima mahasiswa pada tahun ajaran 2012/2013 dan telah terakreditasi B dengan SK No. 1804/SK/BAN-PT/Akred/M/V/2019, Tanggal 28 Mei 2019.